В фильме «Призрак в доспехах: Синдром одиночки. Сообщество крепкого государства» рассказывается история женщины, которая ушла с работы. Она покинула девятый отдел и теперь его контролирует другой человек. Этот отдел занимается тем, что обеспечивает человечеству безопасность. Дело в том, что в том отделе произошел не один инцидент, который устроил один хакер. Он подрывает систему безопасности в отделе. Теперь этого парня нужно поймать, чтобы устранить все проблемы в системе. Кто же этот загадочный парень? Ведь он создает проблемы по защите государства. Смогут ли герои отыскать этого опасного преступника?