Главным героем мультфильма «Слагтерра: Вглубь теней» становится мальчик по имени Шейн. У него есть своя команда друзей, с которыми он спасет человечество. У каждого из этих ребят свои взгляды на происходящее. Все они разные, у них лишь одна общая цель. После возвращения из Восточных Пещер появилось много разногласий и конфликтов. Теперь к ним присоединился парень с поверхности, который нравится далеко не всем. А в мире, где живут главные герои, происходят постоянные стычки с Кланом Теней. Раз за разом этот клан нападает на людей и банду Шейна. И этот раз не исключение. Смогут ли ребята решить проблемы со злодеями?