Главным героем мультфильма "Бэтмен-ниндзя", становится Брюс Уэйн. Он миллиардер, и постоянно спасает мир от надвигающихся угроз. Рискую собственной жизнью, ему приходится идти на крайние меры, пытаясь спасать невинных людей. Он решает отправиться в средневековую Японию, где ему предстоит встретиться со множеством опасных злодеев. Сделать это невероятно трудно, но он готов бросить вызов любому, кто окажется на пути. Ему попадутся как знакомые персонажи это страны, так и те, кто еще не успел открыть истинное лицо преступности. Начнется настоящее сражение, и кто выйдет победителем неизвестно. Он должен постараться предотвратить войну, и попытаться остановить нашествие злодеев. Сможет он справится, или ему понадобится помощь? Найдутся в стране те, кто решится рискнуть жизнью, чтобы победить в этом противостоянии?