Главная героиня сериала «Стеклянная кукушка» – молодая интерн Клара Мерло, которая переживает внезапный инфаркт, но коллеги спасают ее, срочно сделав пересадку сердца. Оправившись после операции, она получает приглашение от матери донора. Женщина хочет, чтобы Клара узнала, кем был ее сын, а она соглашается и отправляется в небольшой провинциальный городок на западе Испании. В день приезда в местном парке исчезает ребенок, и Клара постепенно понимает, что оказалась в самом эпицентре больших тайн. Встречи с жителями города, недосказанности и подозрительные лица – все это каким-то образом переплетается с жизнью главной героини и ее донора.