События мультсериала «Клетка духа: Воплощение» разворачиваются в далеком будущем, когда Земля стала непригодной для жизни пустыней. Появились мерзкие монстры Пожиратели, которые высасывают из живых существ все силы и те превращаются в камни. Новым домом для людей стала крепость на орбите планеты с названием Маяк. Люди на станции разделены на классы: рабочие, охотники и высшие. Такого понятия, как семья больше нет, люди заняты только выживанием. Рабочие обслуживают станцию, охотники выходят за пределы и ищут ресурсы с едой, высшие занимаются наукой. Главный герой – командир охотников Марк, который со своим отрядом спускается на Землю, чтобы найти что-то полезное, а там он видит одну девушку, которая смогла подчинить себе некоторых Пожирателей. Вернувшись на Маяк, он рассказывает об увиденном главному высшему Мэру, но тот не верит этим словам. Главный герой снова собирается на Землю и в этот раз он хочет ближе познакомиться с этой таинственной девушкой.