События фильма «Призраки Гойи» разворачиваются в четырнадцатом веке. Главный герой – живописец при дворе короля Карла IV Франсиско Гойя, который сейчас трудится над портретом очень влиятельного инквизитора Лоренцо. Однажды во дворце появляется торговец Томазо Бельбатуа, который рассказывает художнику, что инквизиция приговорила его дочь Инесс к страшным пыткам на дыбе якобы за иудейство. А ведь Инесс много лет была главной музой Гойи, поэтому он обещает Томазо найти способ спасти его дочь. Франсиско Гойа устраивает вечеринку, куда приглашает Томазо и Лоренцо, чтобы убедить инквизитора освободить Инесс. Никто из троих еще не знает, к каким необратимым последствиям все это приведет.