События фильма «Миссия» разворачиваются в джунглях Центральной Америки, где река несет куда-то вперед замученного священника, привязанного к кресту. Течение становится все быстрее и быстрее, и в какой-то момент, полный страха в этой завораживающее красоте, священник с крестом обрушивается вниз с почти стометровой высоты, но он остается жив. Его спасают те, кто должен был убить. Его фамилия Мендоза, и теперь он живет в одном из индейских племен. Он ненавидит белых и уважает тех, кто его спас. Вскоре Мендоза наденет плащ с капюшоном, возьмет в руки шпагу, соберет лучших воинов и встанет на защиту своего племени. А ведь на дворе восемнадцатый век, и колониальные империи безжалостно убивают всех, кто пытается им помешать.