События мультсериала «Ниер: Автомата, версия 1.1а» разворачиваются в далеком 5012-м году, когда Земля больше не принадлежит людям. Почти тысячу лет назад злобные инопланетяне напали на Землю, с помощью продвинутой робототехники они уничтожили человечество за несколько дней. Несколько тысяч человек успели улететь на Луну и обосноваться там. На планете, где нет кислорода, люди вынуждены жить в глубоких бункерах и выращивать культурные растения в специальных теплицах. Ученые продолжают трудиться – на кону будущее человечества. За это время человечество смогло сильно продвинуться в техническом плане. Несколько десятков тысяч воинов-андроидов модели YoRHa готовы отправиться на Землю и отчистить ее от инопланетян.