События мультфильма «Незнакомец на берегу моря» разворачиваются на одном маленьком острове недалеко от японского города Окинавы. Там на прекрасном морском берегу однажды встречаются двое молодых людей. Сюн Хасимото – гей и мечтает стать знаменитым писателем детективных романов. Мио Тибана – угрюмый и нелюдимый старшеклассник. С каждым днем Сюн Хасимото и Мио Тибана становятся все ближе и ближе. Внезапно угрюмый подросток покидает остров и пропадает. Проходит три долгих года, Мио Тибана возвращается на остров к своему давнему другу Сюну Хасимото и говорит, что тот ему очень нравится. Однако Мио Тибана понимает, что любовь подразумевает интимную близость, а ему сложно на это решиться.