Главная героиня мультфильма «Психопаспорт. Фильм» – инспектор по расследованию потенциальных правонарушений Синъя Когами. Вот уже три года она не работает в системе «Сивилл», сменив сферу своей деятельности. Как раз в это время японское Управление общественной безопасности отправляет детектива Акано Цунемори в Южно-Восточный Азиатский Союз, где она должен расследовать дела о незаконном массовом притоке эмигрантов в Токио. Заодно Акано Цунемори должна лично увидеть, как работает утопический город будущего, которым управляет система «Сивилл». Акано обращается за помощью к Синъи Кагани, чтобы та помогла ей разобраться во всем.