Главный герой фентэзийного фильма «Секретная штаб-квартира» – пятнадцатилетний старшеклассник Оуэн. Он – типичный ботан, который не пользуется популярностью в школе Его двое лучших друзей точно такие же, все вместе они часто становятся боксерской грушей для местных хулиганов. Однажды подросток совершенно случайно обнаруживает в подвале собственного дома потайную дверь, а за ней – подполье, тайное убежище самого могущественного супергероя на Земле. Так Оуэн заводит дружбу с супергероем. Вместе с друзьями главному герою придется защищать этот секретный штаб от напавших злодеев, а заодно отомстить всем своим обидчикам в школе.