События фильма «Прости нам грехи наши» разворачиваются в Германии в первые дни Второй мировой войны. Главный герой – двенадцатилетний Отто, житель маленького городка недалеко от Мюнхена. Он лучший ученик в классе, которым восхищаются все учителя. Мало того, его отец – гордость городка, храбрый военный, отправившийся на фронт добровольцем. Кажется, что все отлично в этой семье, кроме одного – Отто инвалид, он родился с недоразвитыми руками и ногами. Все меняется, когда нацисты внедряют программу «Т-4», согласно которой все люди с психическими расстройствами и физическими отклонениями должны быть уничтожены. Главный герой принимает решение бежать из страны…