Действия кинокартины «Непокорный» берут свое начало в мире будущего времени, где из-за обострившегося кризиса в экономике и глобальных проблем, касающихся превышения численности населения с нехваткой необходимых для жизни ресурсов, произошла война, унесшая за собой немало пролитой крови. Так мир разделился на два лагеря, одни и из которых представляли богатые и статные люди, владеющие рядом корпораций, а другие — непокорные члены общества, яро стремящиеся сменить образованные из-за представленных проблем порядки. В результате противостояния двух сторон, проигравшими оказались вторые, оставшемуся немногочисленному количеству от их группы промыли мозг, пополнив новыми солдатами собственную армию. Вскоре до одного из бывших «непокорных» отрывками доходят воспоминания прошлого, тогда герой начинает осознавать все ужасы произошедшего, и оказывается перед сложным выбором — служить и дальше новоиспеченным лидерам или поднять восстание...